物理与电子工程学院是济宁学院最早设立的院系之一，学校建校之初于1971年成立了物理系，同时物理专业开始招生。2007年3月，原物理系更名为物理与信息工程系，物理学专业成为学校最早设立的本科专业。2021年5月，在物理与信息工程系基础上成立了物理科学与智能工程学院。2024年3月更名为物理与电子工程学院。目前，学院已形成了“基础学科与应用学科互补”的专业格局，为社会培养了大批高水平专业技术人才。

物理与电子工程学院设有物理学（师范）、材料科学与工程、电子信息工程、光电信息材料与器件4个本科专业以及电子信息工程技术专科专业，全日制在校生1669人。承担“十三五”山东省高校重点实验室——“理论物理计算实验室”、济宁市工程技术研究中心——“纳米材料与器件工程技术研究中心”、“智能电液控制工程技术研究中心”等平台的建设。学院材料科学与工程学科为学校重点建设学科，电子信息学科为学校培育建设学科。学院设有物理教学、电子工程、材料工程等实验实训中心，其中专业教学实验室26个，科研实验室10个，学生创新实验室2个，现有仪器设备近2100余台件，设备总值1300余万元。

学院现有教师58人，其中教授10人，副教授12人，博士36人，硕士20人，山东省省属优青1人，济宁市五四青年1人，济宁市第四届自然科学学科带头人1人，济宁市最美科技工作者1人。1人获山东省高校优秀青年人才联合基金项目。9人次分别担任山东师范大学、曲阜师范大学、山东交通学院兼职硕士生导师。近三年承担纵向和横向科研项目共计38项，其中国家级项目2项，省部级项目7项，山东省高等学校青创科技计划创新团队2个，到账科研经费960余万元；近三年发表学术论文50余篇，其中被SCI收录的论文40余篇；授权发明专利4项、实用新型专利3项、PCT国际专利1项。

学院与山东天河科技股份有限公司、泰山玻璃纤维邹城有限公司、山东晶导微电子有限公司、中兴协力（山东）数字科技集团有限公司、山东华兴数字科技有限公司等30多家单位形成了长期的合作关系，实现高校毕业生与用人单位高效对接，促进了毕业生高质量就业。2023年组织学生参加全国大学生机器人大赛RoboMaster2023机甲大师赛、全国大学生金相技能大赛、山东省电子设计竞赛、山东省机电产品设计竞赛、"挑战杯"山东省大学生创业计划竞赛、山东省师范类高校学生从业技能大赛等学科竞赛，共获大学生科技文化竞赛省部级以上奖励96项，其中国家一等奖6项，国家二等奖9项，国家三等奖16项。